О бесполезных вещах
Jan. 31st, 2018 10:28 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
marigranula В статье On causal roles and selected effects: our genome is mostly junk приводятся аргументы, что большая часть ДНК в геномах эукариот является нефункциональной и скорее всего возникла из внутрегеномных паразитов. Не вдаваясь в подробности аргументов авторов, нужно заметить что такая ситуация - есть нечто, зачастую очень дорогостоящее в плане затрачиваемых на него ресурсов и причинения организму вреда, чьи функции не до конца понятно - встречается много где. Попросту говоря, известно много примеров этого "чего-то", от которого вреда вроде бы гораздо больше чем пользы. К подобным "чем-то", в придачу к нефункциональной ДНК, можно отнести сексуальное размножение, игры, сон, и религию у людей (и список можно было бы продолжить). Хотя для всего вышеперечисленного предлагались те или иные функции, все равно известной пользы от них гораздо меньше, чем известного вреда.
Это наводит на мысль, что Есть многое в природе, друг Горацио, Что и не снилось нашим мудрецам. Наверное, есть еще какие-то пользы, которые мы не знаем. Это как-то проще (бритва Оккама!) предположить, чем изменение основных принципов эволюции.
Это наводит на мысль, что Есть многое в природе, друг Горацио, Что и не снилось нашим мудрецам. Наверное, есть еще какие-то пользы, которые мы не знаем. Это как-то проще (бритва Оккама!) предположить, чем изменение основных принципов эволюции.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2018-01-31 09:06 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 09:10 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 09:17 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 10:47 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 10:50 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 11:22 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 11:28 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 11:36 am (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 01:29 pm (UTC)Но оказывается, это просто побочный эффект полезных социальных инстинктов.
"Если звезды зажигают, значит это кому-то нужно"
мусорная ДНК - прежде всего библиотека из которой случайно черпаются новые гены. И она не обязательно должна быть прямо полезной, достаточно быть эволюционно стабильным.
Кстати у птиц, у которых жесткие требования по весу и энергетике, мусорной ДНК почти нет.
no subject
Date: 2018-01-31 01:52 pm (UTC)Что же касается муорной ДНК, то, возможно, мы просто еще не до конца поняли ее функции. Она может кодировать какие-то еще не открытые классы служебных РНК, типа недавно обнаруженных микроРНК? Авторы статьи рассматривают такую возможность?
no subject
Date: 2018-01-31 04:10 pm (UTC)Все в естественном отборе - кит с ногами, которые ему негде испльзовать, вымрет в конкуренции с безногими китами. То же со страусом с большими крыльями :) Исчезновение чего-либо бесполезного - много раз наблюдаемый процесс.
"мусорная ДНК - прежде всего библиотека из которой случайно черпаются новые гены. И она не обязательно должна быть прямо полезной, достаточно быть эволюционно стабильным." - В указанной статье этот вариант как раз обсуждают и отбрасывают.
"Кстати у птиц, у которых жесткие требования по весу и энергетике, мусорной ДНК почти нет."
Да, и у птиц и у летучих мышей более компактные геномы Dynamics of genome size evolution in birds and mammals (http://www.pnas.org/content/114/8/E1460). Но ситуация несколько более сложная: Our study also extends the previous notion that the evolution of the small genomes of bats and birds predates the emergence of flight . То есть, сначала маленькие геномы, а потом полет. И нужно иметь ввиду, что у двоякодышащих рб геном в пять раз больше чем у рыбы-фуги, хотя обе рыбы не тратят много энергии по жизни.
no subject
Date: 2018-01-31 04:20 pm (UTC)А вот почему эта изменчивасть настолько важна? Если мы примем, например , Red Queen hypothesis как причину существования секса, то неужели ни в одном из организмов затраты на секс не могут быть компенсированны увеличением в несколько раз расходов на имунную систему? И почему колониальные тли (в силу социальности подверженные повышеному риску болезней) могут позволить себе редкий секс, а у многих одиночных насекомых - секс в каждом поколении. И ещё, я не в курсе что бы хоть у какого то организма существовала ситуация, что бы в клетке сохранялись обе хромосомы от обоих родителей, и затем рекомбинировали между собой в каждом поколении по новой, без необходимости секса? Это бы давало изменчивость без необходимости в дорогом сексе.
"Что же касается муорной ДНК, то, возможно, мы просто еще не до конца поняли ее функции."
Я тоже так считаю!
no subject
Date: 2018-01-31 06:17 pm (UTC)а вот и не вымер пока. Все киты имеют рудиментарные тазовые кости, которые им негде использовать, но никакой особой конкуренции нет, потому что эти кости очень мало мешают, как и мусорная ДНК
"У китообразных на месте заднего пояса конечностей располагаются в толще туловищной мускулатуры от одной до трех небольших косточек, связанных в настоящее время лишь с мьшцами мочеполовой системы (рис. 6.19). Эти рудименты тазовых костей подтверждают факт происхождения китов и дельфинов от наземных четвероногих предков с развитыми задними конечностями. Рудиментарные задние конечности питона также указывают на происхождение ныне безногих змей от предков с развитыми конечностями. "
@ evolution of the small genomes of bats and birds predates the emergence of flight@
Я не понял откуда они сделали этот вывод. Вот кажется совершенно напротив:
their common ancestor had a larger genome than that of extant avian species
no subject
Date: 2018-01-31 06:23 pm (UTC)Я тоже так считаю!@
Вы не одиноки, большинство людей полагает что мир создан бородатым волшебником, потому что бесцельность им непонятна. Однако реальности плевать на вашу веру.
Mice do fine without 'junk DNA'
Deleting non-coding regions from the genome has no apparent effect.
no subject
Date: 2018-01-31 06:32 pm (UTC)А при чем тут волшебник? Мы ведь говорим об естественном отборе и о выживании fittest. И если привести пример из экономики: на свободном рынке, фирмы , в которых много сотрудников ничего не делают, но получают зарплату, разоряются.
"Deleting non-coding regions from the genome has no apparent effect"
Ну да, я же и говорю, что загадка. Возможно, эти куски играют роль в условиях нелабораторных- для отпугивания кошек, например.
no subject
Date: 2018-01-31 06:35 pm (UTC)Ну я же говорю про ноги, а не рудиментарные кости! цена ног неизмеримо выше,
"эти кости очень мало мешают, как и мусорная ДНК"
Мусорная ДНК довольно таки дорогая - ее нужно синтезировать и репарировать + синтез гистонов
no subject
Date: 2018-01-31 07:17 pm (UTC)Но может быть, они играют роль в отпугивании налоговых инспекторов.
no subject
Date: 2018-01-31 07:52 pm (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 07:54 pm (UTC)Может быть вас убедит существование рецессивных леталей, типа муковисцидоза и фенилкетонурии?
no subject
Date: 2018-01-31 08:01 pm (UTC)Проблема в альтернативе - что можно предложить вместо survival of fittest? Существование бесполезных компонентов в живых организмов с ним не согласуется ( мы не говорим сейчас о маленьких популяциях и коротких временах).
no subject
Date: 2018-01-31 08:02 pm (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 08:07 pm (UTC)no subject
Date: 2018-01-31 10:42 pm (UTC)Потому что она дает материал для отбора. Клоны могут отличаться только мутациями, которые относительно редки, а мейоз и кроссинговер обеспечивают разнообразие потомства даже без всяких мутаций. Не забывайте, что разные комбинации аллелей даже в отсутствие мутаций могут иметь разное приспособительное значение.
no subject
Date: 2018-02-01 05:49 am (UTC)но редкость мутаций - это результат естественного отбора. Если бы более частые мутации были адаптивны, то точность repair просто понизилась бы.
"Не забывайте, что разные комбинации аллелей даже в отсутствие мутаций могут иметь разное приспособительное значение."
Согласен, могут иметь адаптивное, но могут иметь и негативное значение. Будет ли суммарный результат перевешивать огромную цену которые организмы платят за секс?
no subject
Date: 2018-02-01 05:51 am (UTC)Умею :))
"при некотором пороге слабости вреда, она не элиминируется полностью из-за дрейфа"
Вам для дрейфа нужна маааленькая популяция. А популяции с мусорным ДНК и сексом огромные :)
no subject
Date: 2018-02-01 05:53 am (UTC)