(no subject)

[marigranula]

В продолжение https://marigranula.livejournal.com/425980.html.
Поставлен очередной рекорд по размерам генома. Авторы статьи A 160 Gbp fork fern genome shatters size record for eukaryotes обнаружили папоротник с размером генома в 160 миллиардов пар оснований (Gbp). За счет чего у него такой огромный геном - не известно. До сих пор, рекорд принадлежал японскому вороньему глазу с 149 Gbp. Он такой огромный за счет восьми наборов хромосом (то есть, он не диплоидный, как например человек, а октоплоидный). Среди животных, лидирует двоякодышащая рыба с 130 Gbp, но ее геном диплоидный, а гигантский размер вызван активным "размножением" транспозонов и родственных генетических элементов.

Comments

[luxs135.livejournal.com]

Растения лидируют...

[marigranula.livejournal.com]

Однозначно!

[luxs135.livejournal.com]

Кстати опять таки возникает вопрос, а какова гистограмма распределения длинны по царствам.

[marigranula.livejournal.com]

Авторы вот приводят:

(https://ic.pics.livejournal.com/marigranula/14657859/263857/263857_original.jpg)

[egovoru.livejournal.com]

Ой, какая интересная картинка! Особенно бросается в глаза совершенно аномальная форма некоторых распределений, как у покрытосеменных или хордовых: медиана совсем маленькая, но есть аутлайеры, превышающие ее чуть ли не в сотню раз! Да и у папоротников медиана все же существенно меньше рекордсмена. У гребневиков и онихофр тоже формы распределений какие-то дикие. Боюсь, это означает просто пока еще слишком маленькую выборку отсеквенированных геномов.

[marigranula.livejournal.com]

Это может означать, например, что ДНК\гистоны у некоторых видов принимают дополнительные функции — поэтому у них их так много.

[egovoru.livejournal.com]

Ну, или это следы какой-то жуткой вирусной атаки на заре эволюционной истории таких видов.

[marigranula.livejournal.com]

А почему бы и нет? Можно себе представить.

[egovoru.livejournal.com]

Да, и это объяснило бы большую разницу в размере геномов у близких организмов: на кого-то вирусы нападали, а кому-то повезло больше.

[marigranula.livejournal.com]

Да, согласен. Какие-то очень специфические вирусы с циклом развития частично напоминающего транспозоны.

[luxs135.livejournal.com]

Спасибо. Вот я же лентяй, по началу даже не почитал оригинальную статью

[marigranula.livejournal.com]

:))

[pusets.livejournal.com]

Да ваще овощи все заполонили. Телевизор включишь, а там одна ботва!

[lulusate.livejournal.com]

Офигеть можно

[marigranula.livejournal.com]

[pusets.livejournal.com]

Вы бы перестали рыбу "он" называть. От феминисток прилетит.

[marigranula.livejournal.com]

Спасибо, исправил :))

[ymarkov.livejournal.com]

Всех заставить летать! Тогда быстро лишнее-то порастрясут. А то ишь, жируют!

[marigranula.livejournal.com]

[igorla.livejournal.com]

А почему нет четкой корреляции между размером генома и сложностью организма?

[marigranula.livejournal.com]

Вообще никак не связаны между собой. У этого папоротника геном в пятьдесят раз больше чем у человека...

[penetrat0r-v4.livejournal.com]

Спаммеры, небось.

[marigranula.livejournal.com]

Что то в этом роде...

[wejims.livejournal.com]

У методик, определяющих размер генома, такая удручающая точность. Рекорд сомнительный.

[marigranula.livejournal.com]

Да вроде бы нет, нормальная точность.

[wejims.livejournal.com]

Там не только между разными методами, а и между работами одним и тем же методов разными авторами огромные расхождения.

[marigranula.livejournal.com]

Ну стандартным методом является flow cytometry, у аксолотля приблизительно 32 Gbp, shotgun sequencing дал тот же результат, то есть два разных метода дали приблизительно одинаковый результат.

[wejims.livejournal.com]

Если смотреть только на данные по проточной цитофотометрии, разброс тоже дай Бог

[marigranula.livejournal.com]

Я посмотрел на даты публикаций по жабе -аге из Вашего списка: 1993, 1996, 1998, 2001

Это же все очень давно.

[wejims.livejournal.com]

И что, если для одного вида разброс, то брать данные из наиболее свежей статьи? Несерьезно это. И думаете, сейчас все лабы начнут выдавать результаты с разбросом в пару процентов? Сомневаюсь. Это метод такой.

У меня свой опыт с проточкой. Смотрим размер генома в выборках, контрольная и стресс (никакого смысла изначально не вкладывалось, просто решили, раз уж кровь после основных экспериментов осталась, измерить). И после стресса геном вдруг стал на треть больше) Что там происходит — да хер его знает. Наверное, какие-то изменения в хроматине, отчего он стал связывать больше красителя.

[marigranula.livejournal.com]

А какой именно стресс?

[wejims.livejournal.com]

Гипоксия

[marigranula.livejournal.com]

Да, действительно странно... Иммунные клетки кстати синтезируют ДНК (Neutrophil extracellular traps) как одна из иммунных реакций

[wejims.livejournal.com]

У довольно многих тварей могут амплифицироваться гены рРНК или другие гены (Claycomb, J. M., & Orr-Weaver, T. L. (2005). Developmental gene amplification: insights into DNA replication and gene expression. Trends in Genetics, 21(3), 149-162.). Но не в таких количествах вроде бы. В любом случае, ума не приложу пока, как с этим можно работать.

[marigranula.livejournal.com]

Согласен, очень интересная тема.